Cita: al darle click en Seleccione un municipio: que es la primera opción del select del municipio, me devuelve todas las localidades registradas en la base de datos..
Ya entiendo, te explico:
El asunto es que el value de dicha opción está vacio, ¿qué supone esto?
Cuando construyes tus consultas verificas si $municipio está vacío (lo cual está) y en caso contrario agregas el WHERE.
¿Qué sucede?
Pues que la consulta se queda sin WHERE y por eso saca todo de la base de datos.
El problema es tu lógica.