Cita: pero supongo que esto es parte de php...
Mejor no supongas y muestra lo que has hecho.
En teoría, si los scripts de PHP hacen lo que deben no tendrías problema ¿los has ejecutado directamente sin Ajax y los resultados son los correctos?
Pero bueno, sin conocer ambos código es difícil entender así como es bien fácil echarle la culpa a PHP.