Yo personalmente no me peleo mucho con Windows nativo, probablemente alguien te pueda ayudar mejor que yo. No obstante, el proceso la intención de cerrar la ventana viene dada por WM_CLOSE. Está señal es por ejemplo lanzada por pulsar el botón cerrar o ALT + F4.
Si haces un manejador de señales de la ventana (WNDPROC) que se aproveche de ello puedes hacer que al recibir WM_CLOSE tenga lugar el proceso de desconexión y una vez finalizado se llame a destroyWindow para que realmente se cierrre la ventana.
Quizás esto te sea de ayuda (en inglés):
http://www.functionx.com/win32/Lesson05.htm