Hola, al final pude pero hacer que en los links les pase el bundle para que me detecte en que bundle esta el controlador...
Este es mi repositorio con el código:
https://github.com/detectivejd/amnesia_php_hmvc
así funciona con el tema de los links (que no me gusta nada):
<a href="index.php?b=backend&c=roles&a=add" title="Crear"><img src="Public/img/increase.png" /></a>
Encontré esto que era lo que ustedes me decian:
https://github.com/alphalemon/bundle...Autoloader.php
pero no sé cómo adaptarlo a mi código, cómo tendría que cambiar del BundleAutoloader para que funcione en mi código????
Saludos y espero sus respuestas.