Cita:
Iniciado por xfxstudios 
dominio.com/sistema/scripts <------ accesar desde empresa.dominio.com
esto lo haces es cuando creas el subdominio, allí solo indicas hacia que carpeta debe apuntar cuando ingresen a través de este y listo, cada vez que tus clientes accedan el sistema sabrá que debe abrir el contenido de esa carpeta, ahora para lo segundo no te sabria deci8r, ya que si haces login en el sub dominio el navegador registra la sesión a este y no al principal, creo (no se) tendrias que hacer el loging desde el dominio principal y que este redireccione al subdominio, pero no he probado ese metodo a ver si mantiene la sesión desde la principal.
No me sirve porque precisamente el index de cada subdominio está personalizado para cada empresa. Por lo que estoy obligado a cargar el index que está en el subdominio y después de logueado pasar al sistema que está en el dominio principal.