La resolución de conflictos trata de elegir dentro de una serie de bloques marcados qué cambios se quedan y cuales no, ejemplo:
Cita: the number of planets are
<<<<<<< HEAD
nine
=======
eight
>>>>>>> branch-a
Básicamente hay que elegir entre "nine" o "eight" por decir algo muy simple.
El marcador HEAD implica los cambios actuales en tu proyecto, mientras que el siguiente marcador son los conflictos en cuestión.
Los programas visuales te ayudan a automatizar esta tarea eligiendo un camino y aplicándolo al resto de conflictos.
Personalmente me gusta resolver los conflictos a mano, es decir, sin programas gráficos así que tampoco puedo decirte exactamente cómo usarlos.
PDTA: los conflictos son de
git (la herramienta) no lo confundas con GitHub (la plataforma web) que no son lo mismo.