Hacer sitio web multiidioma

[Despacio12]

Muy buenas a todo el mundo, soy nuevo en el foro así que disculpadme si cometo algún error a la hora de explicarme.

Estoy trabajando con una web (básica, solamente cuenta con PHP y JS). El caso es que dicha web ya estaba hecha cuando yo he entrado a tocarla... La cuestión es que estoy intentando arreglar un problema con las traducciones del sitio, el problema me viene cuando hago click sobre algún enlace que me lleve a otra página del sitio (por ejemplo a inicio), el enlace me debería de llevar a la dirección por ejemplo:

http://misitio.com/es/index

Sin embargo esto no funciona, me devuelve un 404. Cuando intento acceder al fichero individualmente tal que así:

http://misitio.com/index.php

Si se muestran los datos correctamente, pero obviamente esto no interesa, porque lo que necesito es que la web sea multilenguaje.

Esta web está hecha desde hace bastante tiempo, por lo que puede ser un problema con la versión del PHP, pero quiero saber si esto le ha pasado a más gente o si me pueden ayudar de alguna manera porque ando muy perdido

Un saludo y gracias por leer.