Tanto en Windows como en Linux puedes redireccionar la salida estándar a, por ejemplo, un fichero. En estas condiciones cualquier mensaje que vaya a mostrar el proceso se volcará al fichero en cuestión.
¿Te vale con eso?
La opción que propones pasa por varios pasos que pueden no ser sencillos de entender:
- Conocer el id del proceso (piensa que cada proceso en ejecución tiene un id diferente y tu quieres identificar uno en concreto... puedes hacerlo mediante el nombre de la aplicación... ahora como tengas dos instancias de la aplicación abiertas a la vez el lío lo tienes garantizado).
- Adjuntarse al proceso
- Redireccionar la salida del proceso