OK.
Poderse, se puede, pero desde PHP sólo podrás modificar los datos usando SQL... Y si sigues almacenando mal formateada la fecha, seguirás teniendo el problema.
Como sea, en PHP formatear la fecha de una forma determinada es algo de manual de referencia.
Ver date_format()
Algo tan simple como:
Código PHP:
<?php
$date = date_create('2000-01-01');
echo date_format($date, 'Y-m-d H:i:s');
?>