Eso no lo puedes resolver mediante .htaccess porque seria complicar las cosas (además que seria cosa del foro de Apache y no de PHP
).
Desde el lado de PHP tu debes saber exactamente que enlaces necesitas, porque finalmente tu controlas como son los enlaces y su estructura.
Lo único que debes corregir es, que leyendo el REQUEST_URI coincida con dicha URL generada: si no son iguales entonces usas header() para hacer la redirección.