Asignar valor a variables PHP en codigo JAVASCRIPT

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tendrias que colocar el codigo completo para poder ayudarte, pero de ante mano te informo que PHP se ejecuta del lado del servidor, es decir, cuando estas ejecutando el js en el navegador ya php se ejecuto y no vas a poder asignarle ninguna variable, en todo caso si indicas que hace la variable, o para que la ejecutas podrías hacerlo todo con js