Buenas,
De que tipo de programas estas hablando? De programas de escritorio o de juegos?
Si es de
escritorio, por lo pronto, se me vienen a la cabeza, aparte del propio NetBeans (Swing) o Eclipse (SWT):
-SOAPUI: permite testear facilmente los Web services. Muy utilizado por todos los desarrolladores de cualquier lenguaje:
http://www.soapui.org/
-Sweet home 3D: permite hacer planos de casas y proyectarlos en 3D:
http://www.sweethome3d.com/
Ambas aplicaciones esan hechas en Swing sin ningun tipo de framework especifico, que yo sepa.
Si es de
juegos, otro par de referencias:
Minecraft: el juego PC mas vendido de la historia (+20 millones de copias)
https://minecraft.net/
Runescape: uno de los MMORPG con mas exito (+200 millones de cuentas)
http://www.runescape.com/community
En ambos casos los juegos se apoyan en OpenGL mediante LWJGL
https://www.lwjgl.org/
(Runscape ha migrado su cliente a HTML5 en 2012 para evitar los problemas de los Applets con los navegadores modernos. El servidor sigue siendo Java.)
Si quieres un framework de mas alto nivel, que funcione sobre LWJGL, con editor de terrenos, etc... echale un vistazo a jMonkey
http://jmonkeyengine.org/
Para adentrarte en el tema de los juegos Java te recomiendo que te unas a la comunidad especializada, que es muy activa:
http://www.java-gaming.org/
Un saludo