Hola @Morod0,
No creo que exista ningún motivo por el cual las sesiones deben desaparecer, ¿quizás tu código tenga algún bloque que solo esté activo cuando funciona por https? Tiene la pinta de que se sobre-escribe, si solo es una única sesión.
Lo único que puede pasar es esto, y creo que no es tu caso:
Cita: Cuando creas las sesiones desde el protocolo http e intentes utilizarlas desde https no existen.
Lo mismo ocurre si tratas de utilizar las sesiones del directorio principal (www.dominio.com) de tu web en un subdominio (sub1.dominio.com).