A ver si me explico. En el el input puntos estas pasando como value los puntos actuales en bd. Y luego es la consulta a esos punto le sumas el valor que envíes. Si lo envías tal cual sin modificar estas es como si multiplicará por 2.
Dos soluciones o no sumar, y escribir en el formulario el valor al que quieres actualizar
Código PHP:
Ver original$update = "UPDATE clasificaciones SET
puntos=$ptos,
partidos_jugados=$pj+$p_j,
partidos_ganados=$pg+$p_g,
partidos_perdidos=$pp+$p_p,
unidades_matadas=$um+$u_m,
unidades_perdidas=$up+$u_p,
edifios_arrasados=$ea+$e_a,
edificios_perdidos=$ep+$e_p,
catillos_totales=$ct+$c_t,
reliquias_capturadas=$rc+$r_c,
poblacion_aldeanos=$pa+$p_a,
puntuacion_total=$pt+$p_t
WHERE id=$id[$i]";
O establecer el value del input a 0 para que sume lo que escribas.
Código PHP:
Ver original<td><input type="number" name="puntos[<? echo $cont; ?>]" value="0" placeholder="<? echo $puntos; ?>"/></td>