Hola:
En java es posible crear clases "anónimas", es decir, que no tienen nombre. Un ejemplo típico, no sé si es tu caso, son los ActioListener de los JButton. Imagina el siguiente código dentro de MiClase.java
Aquí, de forma "anónima", se está creando sobre la marcha una clase que implementa ActionListener. Como esa clase no tiene nombre, al compilarla se genera un fichero .class compuesto por el nombre de la clase principal del fichero (MiClase en este caso) y luego un "número", estilo $1, que servirá para distinguir de otras posibles clases anónimas en el mismo fichero. En este ejmplo, se crearía MiClase.class con la clase principal del fichero MiClase.java y MiClase$1.class con la clase anónima que implementa ActionListener.
Si revisas tu código de MiClase.java, posiblemente encuentres tres clases anónimas en algún sitio.
Se bueno.