Prohibir acceso a archivos sin estar regisrado

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bueno, te recomendaria que procesaras los documentos pdf con algún archivo intermediario así no podría ver el nombre ni la ruta del archivo, ya con eso te evitar inventar otras cosas porque los archivos php encargados de la búsqueda y visualización estarían sujetos a una sesión y al no mostrar ni ruta ni nombre pues disminuyes que te jalen tus archivos desde fuera.