Hola Kao
Disculpa la tardanza!!
En cuanto a database y PHP no soy experta.....
donde no te entiendo cuando dices que has creado un DNS en el webserver!!! si hablas de windows 2000 advanced server el servicio DNS es un servidor aparte o una MMC.
Ahora bien, tambien dices tener otro servidor DBServer donde se conectan los usuarios, este servidor tiene el active directory???
La idea es esta: verificar que el trust en ambos server este activa, deberia ser asi por que ambos son windows 2000 y la relacion de confianza es automatica.
para verificar esto vas a herramientas administrativas y abre la mmc que dice domains and trust ahi debes ver todos los servidores de tu red y haciendo doble click en alguno de ellos ves las propiedades de confianza.