En tu código tienes las condiciones move_uploaded_file() y eso efectivamente impide que el resto del código se ejecute si alguna condición falla.
Debes corregir tu lógica para eso:
Código PHP:
Ver original// MAL
if (x) {
if (y) {
z
}
}
// BIEN
z
if (x) { add_x }
if (y) { add_y }
Es decir, el código principal que arma el correo debe ejecutarse primero, pero antes de enviarlo debes validad tus dos "attachments" para agregarlos sólo si existen.