Cita: colocarlos en el exclude para que no se modifiquen por accidente
Pues para eso hay mejores técnicas, por ejemplo usar un hook para evitar que dichos archivos se modifiquen.
También puedes sacarlos del índice para que al menos no se consideren sus cambios:
Cita: git update-index --no-assume-unchanged [FILE]
git update-index --assume-unchanged [FILE]
Así pues, ignorar o excluir es mala estrategia porque desde luego jamás podrás recuperar dichos archivos una vez ignorados/excluidos.