ya lo solucione y mi nuevo codigo quedo asi
Código PHP:
Ver original<?php
include("conexion.php");
$id = $_GET['id'];
$query = "SELECT * FROM banner WHERE id='$id'";
$resultado =$conexion->query($query);
while($ruta=$resultado->fetch_assoc()){
$ruta["imagen"]; /*aqui est la ruta */
$borrar=$ruta["imagen"];
$id = $_GET['id'];
$conexion->query("DELETE FROM banner WHERE id='$id'");
}
echo"<script type=\"text/javascript\">alert('Datos Eliminados.'); window.location='../banner/mostrar.php';</script>";
?>
muchas gracias a todos por sus amables comentarios y mucha suerte