Las mejores notificaciones se realizan con Node.JS, pues trabaja con Javascript en el backend y en frontend.
Al tener Apache, imagino que con una configuración de LAMP, investiga acerca de
long-polling y
web push.
p.s.: Algo que vi y no probé es esto:
https://www.youtube.com/watch?v=b6Z75EnIZTQ
Saludos.