Error mío. El enlace debe ser así:
Código PHP:
Ver original?>
<a href = "elimina_bodega.php?id=<?=$row['idbodega']?>" class = "delete">Eliminar</a>
Tenía unas comillas de más. De cualquier modo, se debe de mostrar la ventana de confirmación y realizar la redirección.
DEMO
Para efectos del ejemplo, utilizo el método
window.open() ya que no puedo realizar la redirección desde esa página, pero en tu caso, si estás trabajando todo bajo el mismo dominio, con
window.location te basta.
Un saludo