perfectamente se puede adaptar ese codigo para cada comentario y no precisamente hace falta el id. solo haria falta ver la estructura html de esa parte de la pagina. por ejemplo en codigo que publicas, suponiendo que despues de
<a href="#" class="responder" onclick="toggle('responder_usuario');return false;"><i class="fa fa-reply"></i> Responder</a>
declares el codigo
<div id="responder_usuario" class="ocultar">La prueba funciona</div>
en la estructura del DOM, <div> es el hermano siguiente del <a> por tanto para acceder a el en el codigo que publique seria asi $(this).next(). en ves de
$('elemento a mostrar-ocultar').
recuerda que esto puede variar dependiendo de la estructura del DOM.
PUEDES PUBLICAR EL CODIGO REAL DE LA PAGINA PARA ADAPTARLO EN CASO QUE SEA DISTINTO.
AHORA TE PREGUNTO ,TIENES PENSADO DECLARAR PARA CADA COMENTARIO Y RESPUESTA UN FORMULARIO RESPONDER.???? NO CREO QUE SEA NECESARIO ,IMAGINA SI TIENES 100 REPUESTAS.