En el momento que navegas entre ventanas y unas las vas ocultando y otras abiertas se quedan procesos abiertos. Por eso Te muestra el error de que tienes el programa abierto.
Apuesto a que es porque no estás cerrando y abriendo las ventanas correctamente. Cierra las ventanas de esta manera, pruébalo así:
Código C:
Ver originalMenu me = new Menu();
this.Hide();
me.ShowDialog();
this.Close();
En las propiedades del proyecto: Project | proyecto Project | Debug
Ahí puede estar la solución que te da problemas al depurar