Hola,
Javascript se ejecuta en el cliente y PHP en el servidor
(Lo siento, no he podido resistirme).
Para pasar el parametros a una funcion PHP, debes mandar cargar la pagina con los parametros necesarios para que el codigo PHP sepa que funcion debe ejecutar. Como ves, implica cargar una pagina. O recargar la misma pagina.
En este caso, podrias hacer un submit del formulario o un location.href con el parametro. Con javascript, claro. Luego en el script PHP lees el parametro y actuas en consecuencia.
Saludos.