se me ha solucionado, el problema estaba en las comillas, el script debe ser así para el que le interese
Código HTML:
<script type='text/javascript'>
//Función para ir hasta arriba del documento
jQuery.noConflict();
jQuery(document).ready(function() {
jQuery("#arriba").hide();
jQuery(function () {
jQuery(window).scroll(function () {
if (jQuery(this).scrollTop() > 50) {
jQuery('#arriba').fadeIn();
} else {
jQuery('#arriba').fadeOut();
}
});
jQuery('#arriba').click(function () {
jQuery('body,html').animate({scrollTop:0}, 800);
return false;
});
});
});
</script>