Hola, les comento que ya resolví, el problema fue de concatenación entre php y html, mira como quedo el código
Código PHP:
Ver original<?php
?>
<tr><td>Materias</td>
<td>Calif.</td></tr>
<?php
$i=i+1; //puse un contador
?> <tr><td> <?php echo$row['nombre'];?> </td>
// campo input, si no esta vacío poner el valor que fue capturado
<td> <input type="text" name="calif.
<?=$i?>" VALUE="
<?<?php if(!empty ($_POST["calif".$i])){ echo $_POST["calif".$i];}?>?>" /> </td></tr>
<?php
}
Obs.: Probe el var_dump, no me servio pero es una excelente herramienta que no la conocía, muchas gracias por el tip ;)