¿Qué tiene que ver Git (no GitHub, no confundas las cosas) con programación PHP para que hayas publicado aquí?
En primer lugar te invito a conocer más el foro, tu "problema" no tiene relación alguna con PHP, y de hecho existe un sub-foro de Git exclusivamente:
http://www.forosdelweb.com/f171/
Por favor, para la próxima evita publicar donde no corresponde.
Volviendo a tu "problema".
En git las "versiones" pueden ser tags, ramas, o sencillamente commits: nada más.
Mejor dicho: un commit per-se es una versión de tu código, así que ya te imaginarás las posibilidades.
Además te recuerdo que la interfaz gráfica de GitHub es sólo una extensión visual de la versión de consola (git), así que puedes gestionar exactamente lo mismo.
No confundas GitHub con Git.