Buenas Noches!!
Ya lo he podido solucionar!!!
He pintado la variable para poder seguirla y hace cosas muy raras... lo bueno es que en el .htaccess si pones esta linea:
AddDefaultCharset utf-8
Ya podia ver como me escribe la ñ.... y con el siguiente cambio ya me lo termina de solucionar.
El problema era el mb_strtolower he tenido que ponerle
He probado quitando AddDefaultCharset utf-8 y tambien lo hace bien, solo que en la variable te pinta caracteres raros, luego con la funcion de limpiar caracteres de las miles que hay lo deja todo ok!!
Saludos!