Buenas,
No, ese codigo que realiza la consulta deberias encapsularlo aparte y no mezclarlo con la logica del jpanel. Toda la logica de base de datos tendra que tenerla en una capa/paquete aparte.
Una forma de organizarlo correctamente seria con el patron DAO. Aqui tienes una introduccion a dicho patron:
http://www.profesorfalken.com/posts/5
Respecto a los jpanel, los paquetes tienes que ir ordenados por funcionalidad. Por ejemplo
mipaquetebase.panel.search
mipaquetebase.panel.detail
mipaquetebase.panel.stats
etc etc
Dentro de cada paquete iran los distintos jpanel de busqueda, de detalle, de estadisticas, etc.
Un saludo