Supongo que debes tener algún tipo de incompatibilidad entre tu gráfica y el gnome de kali.
Instala sin escritorio y una vez instalado, por ejemplo ponle el xfce:
Código BASH:
Ver originalapt-get install kali-defaults kali-root-login desktop-base xfce4 xfce4-places-plugin xfce4-goodies
pd: Kali se basa en Debian, no en Ubuntu.