Mira.
Yo utilizo las siguientes formas de realizar una consulta sql en codeigniter, por que tenia los mismos problemas que tu.
Código PHP:
Ver originalreturn $this->db->query('SELECT * FROM TABLA ')->result_array();
Código PHP:
Ver original$sql="SELECT * from tabla where codigo=? and ciudad=? ";
return $this->db->query($sql, array($codigo,$ciudad))->result_array();
Tienes que ver como manejarlo en el controlador, si es que tu vista lo recibe con json o no.