Mirate
ffmpeg que es usado en youtube para dar los videos en distintos formatos al vuelo, asi solo guardan un archivo a maxima calidad y genera automaticamente los derivados de menor calidad, trabaja tanto con audio como con video y esta muy buena la herramienta.
Tambien esta disponible para casi todos los SO actuales.
El inconveniente es que puede hacer tantas cosas que tienes un monton de comandos y configuraciones posibles, con lo que hacer un trabajo de calidad es viable, pero te llevara un poco de tiempo ver todo lo que podrias generar.
Un saludo y si tienes alguna duda pregunta