Intenta restablecer los permisos, mi consejo es que arranques con una live y suponiendo que estés en sda1, sería algo similar al ejemplo:
Código BASH:
Ver originalsudo mkdir /mnt/recover
sudo mount /dev/sda1 /mnt/recover
sudo chmod -R root:root /mnt/recover/usr
sudo chmod -R a+rX /mnt/recover/usr
sudo umount /mnt/recover