No es tan complicado, haces un SELECT de la primera tabla con una condición en el WHERE que especifique cuáles registros se van a exportar, y a medida que vayas recorriendo cada registro con fetch_assoc vas insertando cada registro en la nueva tabla y así vas con cada una de las tablas a exportar.
O también puedes anidar las dos consultas en una sola, mira
esto.