Duplicado de registros con un inner join

[gnzsoloyo]

Ya veo...

Creo que esto ya te lo explicamos en otra ocasión, y es que a tus condiciones el falta un discriminante que relacione correctamente los datos. En tu caso, entrada y salida corresponden al mísmo día:

Código MySQL:

SELECT   
         E.fecha_entrada, 
         E.hora_entrada, 
         e.clave_t_e, 
         s.fecha_salida, 
         s.hora_salida
    FROM entrada e 
         INNER JOIN salida s ON e.clave_t_e = s.clave_t_s
                            AND E.fecha_entrada = s.fecha_salida
ORDER BY E.fecha_entrada, s.fecha_salida, e.clave_t_e;
 

Cuidado: ten en cuenta que no estás considerando la posibilidad de que entre en un día y salga en el otro. Esta query no funcionará bien con las fechas cruzadas.

La "duplicación" se da porque la clave relacionada en todos los días es siempre la misma. En ese caso no es un error de MySQL. Es un error de discriminación y relación de los datos.
Debes aprender a ver claramente las relaciones y deducir las condiciones que debe cumplir el resultado correcto. No estabas teniendo en cuenta el resto de los datos.