Desde que conozco MDK, esta distribucion se ha caracterizado por ser una de las mas lentas. No importa que tengas un procesador que tire a 3.2 Ghz o 512Mb en RAM sencillamente MDK lo aranara.
No importan cuantos servicios deshabilites, cuanto trates de ahorrar en memoria, todo MDK sigue el esquema de Microsoft, cada nueva version tiene que consumir mas recursos.
Te recomiendo cambies de distro, a una Debian o RedHat. Igual por tu maquina te recomendaria RH 7.3 (la mejor desde 6.2)