El Rel=Canonical no es algo tan trasendental para Google. y contestando tu pregunta, cito a los mismos creadores de yoast:
Cita: URLs canónicas en Yoast SEO
Yoast SEO añade URLs canónicas a la mayoría de las páginas de su instalación de WordPress. Lo hace de forma automática y en el 99,9% de los casos, usted no tiene que cambiar nada de ellos.