Hola.
En principio tienes un error en el dom, has metido un div
<div class="conoc-cont"> sin cierre, ahi js se hace un lio.
prueba a corregir eso y pones la funcion jquery asi:
$('.conocimiento').each(function(i){
var capas = $(this);
setTimeout(function() { capas.addClass('animated shake'); }, 500*i);
});