Actualizar muchos registros entres 2 tablas MysQL y PHP

[mortiprogramador]

Saludo
En respuesta a las dudas.
Sí, básicamente que el cron dispare el script es lo mismo
que el usuario llame al script desde la página, PERO
hay que tener en cuenta que cuando el usuario llama
desde la página, se tiene que esperar que el navegador
haga la petición al servidor, el servidor procese, y luego le
devuelva la respuesta al navegador.

En cambio, por bat o sh, se ejecuta y no se consumen
más recursos que los que gaste el script como tal,
es por eso que ese tipo de tareas grandes es más
recomendable dejarlas en un CRON.

Sugiero lo siguiente:
Hacer el CRON, y ver como se comporta al ser ejecutado
tanto la tarea, como el sistema para los usuarios,
y ver sí hay mejoras.

De lo contrario, se tiene que entrar a revisar de fondo
el script, y no solo eso, sino mirar también temas de
base de datos, que las tablas tengan índices para que
las búsquedas sean más rápidas, la manera en la que
se consulta un conjunto de datos ya en los querys, etc.

Así que eso puede crecerse bastante,
pero por ahora, empezar con el cron
y ver la evolución del tema es mi sugerencia.