Buenas,
Pues entonces tienes que copiar la plantilla antes de abrirla.
Código Java:
Ver originalFile origen
= new File("RUTADETUPLANTILLAEXCEL"); File destino
= new File("RUTADELACOPIA");
Files.copy(origen.toPath(), destino.toPath());
Luego abres el fichero copia como te he comentado antes.
Un saludo