Mil millones de gracias por la atención
El problema era que estaba usando en la función la opción left y la primera partición siempre se quedaba con datos y no me dejaba eliminar el file. He cambiado todo el planteamiento y al usar la opción rigth si me funciona correctamente y puedo eliminar el archivo file.
Ahora viene lo bueno, no puedo eliminar el filegroup ya que parece ser que si está asignado al sheme aunque no tenga un file no se puede eliminar.
¿Se te ocurre alguna forma de quitar el filegroup del sheme?
El sheme no puedo eliminarlo porque tengo otras particiones y el tema de mover la tabla a otra es imposible ya que la tabla es muuuuuuuy pesada