Hola EDpro.
Haz una función:
Código PHP:
function dosVentanas(){
if (confirm('Abrir 2 ventanas...')){
window.open('', '', '');
window.open('', '', '');
}
}
y en tu tag <submit> pones:
Código PHP:
<input type="submit" name="sub" value="Enviar" onclick="dosVentanas()">
Saludos.