Lo de virtualizar nació por el hecho de que los equipos
servidores de verdad, comenzaron a ser más potentes y algo más caros. Para evitar que una empresa no tuviera que invertir en tanto, entonces virtualizaba.
¿Es buena práctica? Si y no. El si es buena si tenes un servidor con mucha RAM, mucho procesador y mucho espacio de disco duro. Además, depende mucho de que vas a virtualizar y cuantos SO virtualizados pensás tener.
No es lo mismo utilizar un sistema de virtualización como VMWare que inicie antes que todo y administre las máquinas virtualizadas, a que tengas un SO instalado como windows, linux, mac os, etc y dentro del mismo te instales virtualbox para virtualizar, eso no es funcional o recomendado en un ambiente real.
En tu caso, simplemente necesitas un AD en Linux para no pagar caprichos de Micro$oft con un SO Servidor, un servidor de archivos y un servidor web. Todo eso en Linux es muy eficiente y no toma tantos recursos que un Servidor Windows.
Yo soy más partidario y/o realista que un equipo destinado para servidor, no debe siquiera tener escritorio gráfico y por lo tanto, me voy por Ubuntu Server versiones LTS, le instalo webmin para administrarlo por web en caso que no conozcas la línea de comandos e investigo mucho.
How to Make an Ubuntu Active Directory Domain Controller With Samba How to Make an Ubuntu File Server With Samba How to Make an Ubuntu Print Server With Samba>
Si tenes un equipo servidor con varios procesadores un arreglo de disco por hardware y suficiente memoria RAM con la opción de hot swap (conexión en caliente), es que si presenta alguno de estos daños, sin tener que apagar el equipo, podes sustituir lo dañado. Eso de que es igual el daño de un PC a un equipo servidor, es totalmente falso.