Cita: No se si trabajarlo todo en una misma base de datos o crear otra.
Una regla genérica es mas o menos simple:
Si hay dependencia de relaciones, procesos y existe una integración entre los conjuntos de competencias y responsabilidades de los sistemas, todo compone una sola base de datos.
Pero si las bases alimentan a sistemas de la organización con competencias completamente diferenciadas, son dos o más bases de datos.
No hay un modo único de resolver el tema. Dependerá de las caracteristicas de tu sistema.