Cita: ¿Hay algún modo de esquematizar bien un programa para que, de forma gráfica, se entienda bien de un solo vistazo?
¿Como puedo mezclar un diagrama de clases con uno de ejecución para saber qué hilo usa qué clase y como... y no liarme?
El UML incluye Diagramas de Comunicación y Diagramas de Colaboración. Además de los de Secuencia, que podrían ser aplicables a tu caso.
¿Los analizaste?