sip con un sum sobre tu consulta principal algo asi:
Código SQL:
Ver originalSELECT SUM(num), areas.nombre FROM(
SELECT clave, COUNT( * ) AS num,empleados.area, areas.nombre,areas.idarea,
empleados.grupo, grupos.idgrupo , grupos.nombre
FROM empleados,areas, grupos
WHERE empleados.area=areas.idarea AND empleados.grupo=grupos.idgrupo
GROUP BY empleados.grupo ORDER BY areas.nombre, grupos.grupo
) AS total GROUP BY areas.nombre