php y html reutilizar

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Hola amigos, tengo el siguiente problema pero no es nada grave jajaja.

El sistema consiste en que un cliente si quiere una tienda online ingresa a mi pagina web y ingresa el nombre de la tienda y su clave. al colocar estos datos automaticamente se genera la tienda online en una carpeta en el servidor. por ejemplo zapatillas.tiendaonline.com. genera un subdominio ya que todavia no esta el dominio principal.

cual es el problema, es que cuando tenga varios clientes tendre que colocar por cada cliente los archivos html y php para que funcione la tienda en el hosting.

Me pongo a pensar que si fuera asi y hay algun problema con algun codigo tendria que entrar a cada carpeta de los clientes y modificar el error. esto me causaria una perdida de tiempo .

hay forma de que desde una carpeta donde tenga toda la logica (tienda online) se replique hacia las otras carpetas. vi que se podria hacer con "import" de html5 pero solo se podría hacer con chrome.

habra alguna otra alternativa para no replicar todo la tienda online por cada cliente.

saludos desde CHile de la ciudad mas extrema p. arenas.