Hola.
Ya que estas usando jquery yo quitaria el onclick del boton y capturaria el evento con jquery, algo asi:
Código:
<!doctype html>
<html>
<head>
<title>titulo</title>
<script src="js/jquery-1.11.3.min.js"></script>
<script>
$(document).ready(function(){
$('#btn_empresa').on('click',function(){
var seleccionado = $("#seccion option:selected").val();
if (seleccionado == "cliente"){
fn_cliente();
} else if (seleccionado == "contactos") {
fn_contactos();
};
});
function fn_cliente(){
// codigo aqui
alert ("has elegido : cliente" );
return;
}
function fn_contactos(){
// codigo aqui
alert ("has elegido : contactos" );
return;
}
});
</script>
</head>
<body>
<div class="form-group">
<select id="seccion" class="form-control">
<option value="cliente">Clientes</option>
<option value="contactos">Contactos</option>
</select>
</div>
<input id="btn_empresa" value="Buscar" type="button" class="btn btn-primary buscar"/>
</body>
</html>
Saludos.