Tu errores es que estas usando $row['id'] como dato en
value y si no me equivoco ese campo es de tipo int, por eso te guarda un numero entero.
Sino me equivoco el valor que debes pasarle es $row['descripcion_item'] o $row['referencia'] (no detallas el nombre del campo así que me imagino que es uno de los 2).
Código PHP:
Ver original$item .=" <option value='".$row['id']."'>".$row['referencia']." , ".$row['descripcion_item']."</option>";
Saludos.